Na terenie powiatu Szczytno znajduje się 6 rezerwatów: "Kulka", ,,Galwica”, ,,Sołtysek”, ,,Małga”, ,,Dęby Napiowdzkie”, ,,Pupy”. Dwa rezerwaty położone są bezpośrednio na obrzeżach powiatu i są to: ,,Jezioro Kośno”, oraz ,,Czaplisko ławny Lasek”.
GMINA DŹWIERZUTY
Rezerwat "Kulka"- rezerwat florystyczny, zwany też rezerwatem roślinności stepowej (pontyjskiej). Utworzony został w 1955 r., celem zachowania (ze względów naukowych i dydaktycznych) fragmentu lasu ze stanowiskami flory pontyjskiej i roślin chronionych. Liczący 12,39 ha powierzchni rezerwat ciągnie się wąskim pasem o przeciętnej szerokości 20 - 30m i dł. ok. 25 000m wzdłuż wschodniego brzegu jeziora Łęgsk. Granice rezerwatu wytycza od wschodu droga gruntowa, od strony zachodniej brzeg jeziora Łęsk. Roślinność tu występująca: sasanka łąkowa, sparceta piaskowa, drikiew żółtawa, pięciomik piaskowy, gorycz pagórkowy, groszek czerniejący, ciemiężyk białkowy. Niektóre z tych roślin są w stadium zaniku wskutek zmian w charakterze stosunków świetlnych.
GMINA JEDWABNO
Rezerwat "Galwica"- jest to rezerwat torfowiskowy, który został utworzony w 1958r. Zajmuje powierzchnię 95,09ha. Obejmuje rozległe torfowisko niskie i przejściowe, będące miejscem występowania wielu rzadkich i ginących roślin. Rosną tu m.in.: turzyca obła, turzyca tunikowa, turzyca gwiazdkowa, lipiennik Loesela, listera jajowata, storczyk Traunsteinera, kruszczyk błotny, gwiazdnica grubolistna, wierzba borówkowo – listna. Jest to także miejsce gniazdowania wielu ciekawych i rzadkich gatunków ptaków np.: żurawia, cietrzewia, cyraneczki, orlika krzykliwego, kureczki nakrapianej, gągola, beksa krzyka. Również ciekawy jest świat motyli, reprezentowany przez wiele rzadkich gatunków, związanych z torfowiskami i bagnami. Jest to rezerwat ścisły. Nie jest udostępniany turystom.
Rezerwat "Dęby Napiwodzkie"- rezerwat leśny o powierzchni 37,11 ha, w obrębie którego rośnie 65 dębów liczących po około 340 lat. Najgrubszy z nich mierzy w obwodzie 600zm. Tutaj również występuje ciekawa roślinność, np.: wawrzynek wilczełyko, marzanka wonna, lilia złotogłów i inne. Na położonych w sąsiedztwie łąkach spotkać można żurawie, orliki krzykliwe, bociany czarne, a w samym rezerwacie gniazdują między innymi: muchołówka mała i dzięcioł średni.
Rezerwat "Małga"- liczy 150 ha powierzchni. Rezerwat tworzą rozległe torfowiska, trzcinowiska, a także zarośla wierzbowo – brzozowe. Jest to ważne miejsce gniazdowania ptaków wodno–błotnych, a także duża ostoja o znaczeniu krajowym i europejskim wędrownych i nielęgowych żurawi. Swoje lęgi odbywają tu m. in.: żurawie, łabędzie, czajki, bekasy krzyki, ginące cietrzewie, derkacze, kureczki nakrapiane. Rezerwat tej jest ostoją żurawi. W okresie jesiennych wędrówek nocuje tu do 1500 tych ptaków. Małga (Ruda), od której pochodzi nazwa rezerwatu, była kiedyś największą i najstarszą miejscowością gminy Jedwabno zlikwidowaną przez władze państwowe w latach 50. w celu utworzenia poligonu wojskowego Muszaki. W latach 90., po likwidacji poligonu, tereny zostały przekazane Lasom Państwowym. Gospodarzem terenu zostało Nadleśnictwo Jedwabno
GMINA PASYM
Rezerwat "Sołtysek" - jest to rezerwat florystyczny, utworzony w 1969r. Liczy 10,47 ha powierzchni. Obejmuje torfowiska niskie i przejściowe powstałe w wyniku zlądowienia dawnego jez. Sołtysek. Utworzono go w celu zachowania 9 (ze względów naukowych i dydaktycznych) stanowisk modrzewicy północnej. Ten reliktowy gatunek w Polsce występuje tylko w 7 miejscach. Oprócz modrzewicy północnej występuje tu wiele innych reliktowych i rzadkich gatunków roślin, jak brzoza niska, rosiczka długolistna, rosiczka okrągłolistna, lipiennik Loesela, kruszczyk błotny.
"Rezerwat,,Jezioro Kośno"- rezerwat krajobrazowy. Położony jest częściowo w gminie Pasym i Purda. Rezerwat ten obejmuje swoim zasięgiem nie zagospodarowane turystyczne jezioro Kośno o powierzchni 551,9 ha oraz otaczający je pas lasu.
GMINA ŚWIĘTAJNO
Rezerwat "Pupy" - rezerwat leśny. Obejmuje obszar leśny o powierzchni 58,18 ha i powołano go celem zachowania (ze względów naukowych i dydaktycznych) starodrzewiu mieszanego z udziałem świerka, sosny, dębu i buka, który występuje poza granicą swego naturalnego zasięgu. Około 30 proc. jego drzewostanu stanowią drzewa w wieku powyżej 100 lat, a niektóre fragmenty liczą nawet po 250 lat.
Rezerwat "Czaplisko Ławny Lasek" - rezerwat faunistyczny. Położony jest na terenie gminy Piecki, na wschodnim brzegu jeziora Uplik, w odległości około 1 km na południowy – wschód od wsi Zgon. Liczy 7 ha powierzchni. Obiekt obejmuje opuszczoną kolonię czapli siwej w starym drzewostanie sosnowym, liczącym ok. 190 lat.
GMINA DŹWIERZUTY
Rezerwat "Kulka"- rezerwat florystyczny, zwany też rezerwatem roślinności stepowej (pontyjskiej). Utworzony został w 1955 r., celem zachowania (ze względów naukowych i dydaktycznych) fragmentu lasu ze stanowiskami flory pontyjskiej i roślin chronionych. Liczący 12,39 ha powierzchni rezerwat ciągnie się wąskim pasem o przeciętnej szerokości 20 - 30m i dł. ok. 25 000m wzdłuż wschodniego brzegu jeziora Łęgsk. Granice rezerwatu wytycza od wschodu droga gruntowa, od strony zachodniej brzeg jeziora Łęsk. Roślinność tu występująca: sasanka łąkowa, sparceta piaskowa, drikiew żółtawa, pięciomik piaskowy, gorycz pagórkowy, groszek czerniejący, ciemiężyk białkowy. Niektóre z tych roślin są w stadium zaniku wskutek zmian w charakterze stosunków świetlnych.
GMINA JEDWABNO
Rezerwat "Galwica"- jest to rezerwat torfowiskowy, który został utworzony w 1958r. Zajmuje powierzchnię 95,09ha. Obejmuje rozległe torfowisko niskie i przejściowe, będące miejscem występowania wielu rzadkich i ginących roślin. Rosną tu m.in.: turzyca obła, turzyca tunikowa, turzyca gwiazdkowa, lipiennik Loesela, listera jajowata, storczyk Traunsteinera, kruszczyk błotny, gwiazdnica grubolistna, wierzba borówkowo – listna. Jest to także miejsce gniazdowania wielu ciekawych i rzadkich gatunków ptaków np.: żurawia, cietrzewia, cyraneczki, orlika krzykliwego, kureczki nakrapianej, gągola, beksa krzyka. Również ciekawy jest świat motyli, reprezentowany przez wiele rzadkich gatunków, związanych z torfowiskami i bagnami. Jest to rezerwat ścisły. Nie jest udostępniany turystom.
Rezerwat "Dęby Napiwodzkie"- rezerwat leśny o powierzchni 37,11 ha, w obrębie którego rośnie 65 dębów liczących po około 340 lat. Najgrubszy z nich mierzy w obwodzie 600zm. Tutaj również występuje ciekawa roślinność, np.: wawrzynek wilczełyko, marzanka wonna, lilia złotogłów i inne. Na położonych w sąsiedztwie łąkach spotkać można żurawie, orliki krzykliwe, bociany czarne, a w samym rezerwacie gniazdują między innymi: muchołówka mała i dzięcioł średni.
Rezerwat "Małga"- liczy 150 ha powierzchni. Rezerwat tworzą rozległe torfowiska, trzcinowiska, a także zarośla wierzbowo – brzozowe. Jest to ważne miejsce gniazdowania ptaków wodno–błotnych, a także duża ostoja o znaczeniu krajowym i europejskim wędrownych i nielęgowych żurawi. Swoje lęgi odbywają tu m. in.: żurawie, łabędzie, czajki, bekasy krzyki, ginące cietrzewie, derkacze, kureczki nakrapiane. Rezerwat tej jest ostoją żurawi. W okresie jesiennych wędrówek nocuje tu do 1500 tych ptaków. Małga (Ruda), od której pochodzi nazwa rezerwatu, była kiedyś największą i najstarszą miejscowością gminy Jedwabno zlikwidowaną przez władze państwowe w latach 50. w celu utworzenia poligonu wojskowego Muszaki. W latach 90., po likwidacji poligonu, tereny zostały przekazane Lasom Państwowym. Gospodarzem terenu zostało Nadleśnictwo Jedwabno
GMINA PASYM
Rezerwat "Sołtysek" - jest to rezerwat florystyczny, utworzony w 1969r. Liczy 10,47 ha powierzchni. Obejmuje torfowiska niskie i przejściowe powstałe w wyniku zlądowienia dawnego jez. Sołtysek. Utworzono go w celu zachowania 9 (ze względów naukowych i dydaktycznych) stanowisk modrzewicy północnej. Ten reliktowy gatunek w Polsce występuje tylko w 7 miejscach. Oprócz modrzewicy północnej występuje tu wiele innych reliktowych i rzadkich gatunków roślin, jak brzoza niska, rosiczka długolistna, rosiczka okrągłolistna, lipiennik Loesela, kruszczyk błotny.
"Rezerwat,,Jezioro Kośno"- rezerwat krajobrazowy. Położony jest częściowo w gminie Pasym i Purda. Rezerwat ten obejmuje swoim zasięgiem nie zagospodarowane turystyczne jezioro Kośno o powierzchni 551,9 ha oraz otaczający je pas lasu.
GMINA ŚWIĘTAJNO
Rezerwat "Pupy" - rezerwat leśny. Obejmuje obszar leśny o powierzchni 58,18 ha i powołano go celem zachowania (ze względów naukowych i dydaktycznych) starodrzewiu mieszanego z udziałem świerka, sosny, dębu i buka, który występuje poza granicą swego naturalnego zasięgu. Około 30 proc. jego drzewostanu stanowią drzewa w wieku powyżej 100 lat, a niektóre fragmenty liczą nawet po 250 lat.
Rezerwat "Czaplisko Ławny Lasek" - rezerwat faunistyczny. Położony jest na terenie gminy Piecki, na wschodnim brzegu jeziora Uplik, w odległości około 1 km na południowy – wschód od wsi Zgon. Liczy 7 ha powierzchni. Obiekt obejmuje opuszczoną kolonię czapli siwej w starym drzewostanie sosnowym, liczącym ok. 190 lat.